中国北京同仁堂（集团）有限责任公司为国有独资企业。目前已形成六个二级集团、三个院、五个直属子公司的主体架构。六个二级集团（含三个上市公司）为：股份集团、科技发展集团、国药（香港）集团、健康药业集团、商业投资集团、药材参茸投资集团；三个院为：研究院、中医医院、教育学院；五个直属子公司为：制药公司、投资公司、生物制品公司、文化传媒公司、中药配方颗粒投资公司。涵盖现代制药业、零售商业和医疗服务三大板块。企业的发展定位是“打造国际知名、国内领先的以中医中药为核心的健康产业集团”。
截至2017年末，集团拥有药品、保健食品等六大类产品2600余种，36个生产基地，105条现代化生产线，一个国家工程中心和博士后科研工作站。集团系统共有零售终端2121家（其中，海外140家）；医疗服务终端（含中医医院、诊所）488家（其中，海外80家）。
同仁堂集团先后荣获了中国质量奖、北京市政府质量管理奖。同仁堂商标获得了“中国商标金奖-商标运用奖”和“马德里商标国际注册特别奖”。
近年来，同仁堂集团坚持“以现代中药为核心，发展生命健康产业，成为国际知名的现代中医药集团”的发展战略，以“做长、做强、做大”为方针，以创新引领跨越式发展，以科技兴企为己任，通过不断探索，形成了“两会两院两中心一站”的科技创新体系，即同仁堂科技质量管理委员会和同仁堂内部专家委员会、同仁堂研究院和同仁堂中医院、中药（复方）新药开发国家工程研究中心和集团公司检测中心、同仁堂博士后科研工作站。
同仁堂研究院是是集团公司的科技创新平台，由两个上市公司的研究所、一个国家工程中心和集团公司博士后科研工作站组成，主要负责为集团系统服务，开发高精尖产品，开展共性技术研究。随着科技创新体系的逐步完善，科技创新工作取得了显著成绩。近20年，同仁堂开发新产品679个，其中药品176个，保健食品92个，食品288个，化妆品123个。
2009年，同仁堂攻克了大蜜丸产品自动化包装难题，改变了沿用几百年的手工操作模式，在国内首家实现了大蜜丸扣壳、蘸蜡、装盒的自动化生产。2010年，应用移印技术，以油墨代替金箔，以机械代替手工，实现了蜜丸打戳生产自动化，降低了成本，提高了生产效率。
自1992年以来，同仁堂承担政府重大科技项目60余项，其中国家级项目28项，北京市级项目34项。巴戟天寡糖胶囊、清脑宣窍滴丸、麦地参肾消胶囊等重点新药品种均获得了政府科技资金支持。
2009年北京市“十病十药”项目启动以来，同仁堂的止渴养阴胶囊、巴戟天寡糖胶囊、参丹活血胶囊、贞芪益肾颗粒、清脑宣窍滴丸、麦地参肾消胶囊、爱可扶正片、栀郁安神颗粒、益肾通脑宁胶囊、清热强腰颗粒、疏风止咳颗粒等11个品种先后入选“十病十药”项目，同仁堂成为入选项目最多、获得资金支持力度最大的企业。其中“止渴养阴胶囊”于2011年12月16日正式上市场销售，成为“十病十药”项目首个上市品种。 目前同仁堂集团拥有各种专利共计105件，其中发明专利46件，实用新型7件，外观设计52件。
1995至2002年，北京同仁堂制药厂连续七年被北京市工商行政管理局命名为"重合同守信用单位"。
2002年，中国证券报社亚商企业咨询股份有限公司评定北京同仁堂股份有限公司为"2002年中国最具发展潜力上市公司50强第一名"。
2002年、2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司制药厂被北京市地方税务局评选为"个人所得税代扣代缴先进单位"。
2003年，北京市质量技术监督局 授予集团公司" 北京市质量管理先进企业"称号。
2003年，中央精神文明建设指导委员会 授予集团公司 "全国精神文明建设工作先进单位"。
2003年，集团公司荣获北京企业联合会、北京市企业家协会颁发的"优秀企业管理奖"。
2003年，北京市人民政府授予北京同仁堂股份有限公司"北京市质量管理先进奖"。
2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司获得中国质量管理协会"全国质量效益型先进企业"奖。
2003年、2004年，北京同仁堂股份有限公司、北京同仁堂连锁药店连续两年分别被北京市工商行政管理局确定为"守信企业"。
2003年，北京同仁堂连锁药店被北京市药品监督管理局评为"药品不良反应监测先进单位"。
2003年，北京同仁堂科技发展股份有限公司经过"北京新世纪认证有限公司"检查验收，通过质量体系认证。
2003年，北京同仁堂连锁药店被北京市委、市政府评为"首都防治非典型肺炎工作先进集体"。
2003年，北京同仁堂连锁药店被中国商业联合会评为"全国商业服务业抗击非典先进单位"；评选为"全国商业服务业安全放心服务场所"。
2003年，经中国消费者报社组织评选，北京同仁堂连锁药店获得"维护消费者合法权益突出贡献奖"。
2003年，北京市委授予同仁堂"思想政治工作先进单位"称号。
2003年、2004年，北京企业联合会、北京市企业家协会连续 授予集团公司 "先进管理企业"称号。
2003年、2004年，北京同仁堂科技发展股份有限公司连续荣获北京质量协会、北京用户满意工程联合推进办公室颁发的"用户满意奖"。
2003年，由北大案例研究中心和经济观察报经过调研授予同仁堂"全国最受尊敬企业"称号。
2004年，中国质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司"卓越绩效模式先进企业"称号。
2004年，北京市工商行政管理局确认北京同仁堂科技发展股份有限公司为"2004年度守信企业"。
2004年，北京市商务局、北京市商业联合会、北京市连锁经营协会向北京同仁堂连锁药店颁发"2004北京优秀特许品牌"奖牌。
2004年，北京同仁堂连锁药店被北京国税局认定为"纳税信用A级"企业。
2004年，北京同仁堂科技发展股份有限公司被北京经济技术开发区国家税务局评为"缴纳增值税千万元以上先进单位"。
2004年，中国企业文化促进会授予同仁堂"中国企业文化品牌建设十佳单位"称号。
2005年，董事长殷顺海被评选为"全国劳动模范"。
2005年，北京市国家税务局确认北京同仁堂股份有限公司、北京同仁堂科技发展股份有限公司及其制药厂为"纳税信用A级企业"。
2005年，北京同仁堂科技发展股份有限公司获得"关心百姓安全用药活动组委会"颁发的"百姓放心药荣誉证书"。
2005年，中国质量协会授予北京同仁堂科技发展股份有限公司2002至2004年度"卓越绩效模式先进企业"特别奖。
1998年至2005年，同仁堂连续八年被首都精神文明建设委员会评为"首都精神文明建设先进单位标兵"称号。
2005年，中央精神文明建设指导委员会向同仁堂颁发"全国文明单位"证书。
2005年，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司作为全国唯一的中药企业被中国社会工作协会评选为首届"最佳企业公民"荣誉称号。
2005年，"同仁堂"品牌做为唯一的医药品牌入选由北京电视台等12家京城主流媒体主办的第二届"北京影响力"评选活动的"影响百姓生活的十大品牌"。
2005年，《香港商报》将"同仁堂"品牌做为"2005年度中国十大自主创新民族品牌"进行报道。
2005年，中华人民共和国商务部授予“同仁堂”（医药保健品类）“重点培育和发展的中国出口名牌”证书。
2005年，中华人民共和国劳动和社会保障部、中华全国总工会、中国企业联合会、中国企业家协会授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司“全国创建和谐劳动关系模范企业”称号。中华人民共和国商务部认定注册商标“同仁堂牌”为“中华老字号”。
2005年，同仁堂职工在中国能源化学工会全国委员会、中国医药企业管理协会、中国中药协会、中国就业培训技术指导中心共同举办的"全国中药调剂员技能竞赛"中囊括前三名。
2006年，在北京市商业联合会与北京日报报业集团共同主办的"2005年度北京十大商业品牌"评选活动中，"北京同仁堂"荣获"北京十大商业品牌"称号。
2006年，由国家食品药品监督管理局南方医药经济研究所主办的《医药经济报》，根据 SFDA 南方所医药经济运行分析系统数据，向 2005 年销售收入（含商业）排名第九的中国北京同仁堂（集团）有限责任公司授予"中国制药工业百强"奖牌。
2006年，中华人民共和国文化部确定，国务院批准"同仁堂中医药文化"列入"第一批国家级非物质文化遗产名录"。
2006年8月，经＂品牌中国总评榜专家委员会＂综合评审，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司当选为＂中国２５年２５大典型品牌企业＂。
2006年12月，同仁堂被国家商务部认定为首批"中华老字号"。 2006年12月，中央组织部、国务院国资委授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司领导班子"全国国有企业创建 四好 领导班子先进集体"称号。
2006年12月，北京市商务局、北京市商业联合会、北京市连锁经营协会再次授予北京同仁堂连锁药店"北京优秀特许品牌"奖牌。
2006年，北京同仁堂科技发展股份有限公司通过中国质量协会用户委员会"全国用户满意企业"复评。
2007年，中华全国总工会授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司“全国五一劳动奖状”证书。
2007年3月，在由北京大学中国品脾研究中心、中国新经济研究中心主办，世纪影响力（北京）品牌文化传播中心承办的"2006中国品牌领袖年会"上，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司殷顺海荣获"国际影响力品牌领袖"大奖。
2007年12月，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司荣获第十届全国职业道德建设"十佳单位"称号。
2008年11月，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司荣获中国企业文化研究会"改革开放30年 全国企业文化杰出品牌组织"称号。
2008年12月，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司董事长、党委书记殷顺海，荣获"中国改革开放30年 轻工业十大领军人物"奖。
2009年1月，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司董事长、党委书记殷顺海，荣获"2008年度中国10大企业改革创新人物"奖。
2009年，中央精神文明建设指导委员会授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司“第二届全国文明单位”证书。
2009年，中国企业文化研究会授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司“2009年度全国企业文化建设先进单位”证书。
2009年，同仁堂荣获香港2009年超级品牌称号。
2009年——2014年，中国北京同仁堂（集团）有限责任公司被评为“全国医药行业思想文化建设先进单位”。
2010-2013年，同仁堂品牌连续四年被香港中药业协会评为“至爱优质中药品牌”。
2011年，集团公司荣获“全国模范劳动关系和谐企业”称号。
2011年，集团公司荣获首届北京中医药文化博览会暨首届北京中医药文化产业论坛“中药百年品牌文化传承奖”。
2011年，集团公司在第五届北京影响力评选活动中荣膺影响百姓经济生活的十大品牌“北京人奖”。
2011年，北京同仁堂科技发展股份有限公司荣获中国证券金紫荆奖----海外最具品牌影响力的中国上市公司。
2011年，北京同仁堂国药有限公司荣获“2011年中国企业走进东盟十大成功企业”。
2012年，集团公司在（2012）我心中的品牌全国公众推选活动中荣获中国品牌诚信100强。
2012年，集团公司获得中国医药卫生行业社会责任孺子牛奖文化传承品牌称号。
2012年，集团公司被评为中华老字号传承创新先进单位。
2012年，集团公司被评为首届京交会中医药专题成果突出单位。
2012年，集团公司被评为京交会中医药专题活动突出贡献奖单位。
2012年，集团公司被评为 2012年最具价格中国品牌50强之一。
2012年，“北京同仁堂非遗生产性保护示范基地”入选北京市级非遗项目。
2012年，北京同仁堂国药（香港）集团荣获北京市第二十七届企业管理现代化创新成果一等奖。
2012年，北京同仁堂（泰国）有限公司荣获“东盟商企精英企业奖”。
2013年，集团公司被评为2013中国品牌文化影响力500强2013年集团公司被评为2013年首都医药卫生文化建设先进单位。
2010-2013年，同仁堂品牌连续四年被香港中药业协会评为“至爱优质中药品牌”。
2013年，“同仁堂安宫牛黄丸传统制作技艺”入选北京市级非遗代表性名录。
2013年，北京同仁堂国药（香港）集团被中国医药保健品进出口商会评为“2011-2012年度中国医药国际化推进十强企业”。
2014年，中华人民共和国文化部授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司同仁堂中医药文化（传统中药材炮制技艺）“国家级非物质文化遗产生产性保护示范基地”。
2014年，中华人民共和国国务院、文化部授予中医传统制剂方法（安宫牛黄丸制作工艺）“国家级非物质文化遗产代表性项目”。
2015年，中国企业文化研究会授予中国北京同仁堂（集团）有限责任公司“全国企业文化建设示范基地”称号。
